这期跟大家分享一篇关于SWATH在不同实验室间可重复性的研究,文章于今年四月份发表在Nature Communication杂志。
SWATH是一项真正意义上的全景质谱检测手段,能够检测复杂样品中几乎所有分子。SWATH的原理是通过将MS质谱分成多个小窗口,再对每个窗口的每个离子进行MS/MS检测,从而达到对所有分子的深度检测。同时SWATH的检测精度与MRM靶向蛋白组学鉴定处于相当水平。集合了检测广度和精度两大优势,SWATH是研究者们研究蛋白组学的理想手段。
但是在此之前,SWATH的研究数据的重复度只在实验室内部得到很好的验证,而对于不同的实验室之间SWATH数据重复度还没有得到验证。由于复杂的样品往往受到的影响因素较多,数据的重复度相对较低。因此,这篇文章主要研究了SWATH在世界上不同的实验室之间的数据鉴定重复度的问题。这个研究统计了全世界11个不同的实验室中使用SWATH鉴定的数据重复度情况。
实验结果
1. 作者把30个肽段标准品分为5组,每组6个标准品按照5个稀释梯度混入HEK293T细胞裂解液中,再在选定的6个国家中的11个实验室中使用SWATH方法对以上样品进行分析。分析一共获得229个SWATH-MS文件,接下来再对数据的现行动态范围等数据进行分析。
2. 结果表明在11个实验室中鉴定的蛋白总数大体是一致的,基本都位于4000左右的范围。
3. 作者进一步分析了同一实验室和不同实验室间变异系数的范围,结果表明标准品和HEK293蛋白的变异系数均在20%左右。
4. 另外,对标准品和样品的动态范围分析也都呈现良好的线性结果
5. 作者对11个实验室鉴定的蛋白进行聚类和相关性分析,数据呈现出高度的对称性,表明SWATH-MS鉴定和数据分析在不同的实验室间能够有高度的重现性。
实验结论
综上,结果表明在这11个实验室使用SWATH能够在HEK293T细胞中重复地鉴定至少4000个蛋白。并且,蛋白鉴定的变异系数低,蛋白鉴定均呈现相似的线性动态,并且蛋白聚类和相关性分析也都一致。因此,结论就是SWATH不仅在实验室内部有着高重复度,在实验室间的数据重现行也是极高的,这也再次验证SWATH鉴定的可靠性。