1. GPMdb
GPMdb全称为Global Proteome Machine Database。这是一个持续更新的大型数据库，包含许多被质谱鉴定过的蛋白质质谱鉴定数据。
网站链接：http://gpmdb.thegpm.org
网站界面很简单，可以通过搜索蛋白、基因名称，或者motif等，加上对应的种属即可获得有关这个蛋白的质谱鉴定数据，包括肽段序列，翻译后修饰等等。这个数据库可以提供直接的质谱数据参考，非常实用！！
2. EBI PRIDE Archive
EBI PRIDE Archive是一个shotgun proteomics 质谱研究数据库，主要包括shotgun蛋白组学相关质谱数据，蛋白多肽鉴定，翻译后修饰等质谱鉴定信息。能够为shotgun proteomics研究提供一些相关参考依据。
网站链接：http://www.ebi.ac.uk/pride/archive/
3. Human Proteome Map
Human Proteome Map是一个指示蛋白质在各部分组织中的分布表达量的数据库。蛋白质在各个组织中的表达量的数据均基于质谱研究数据。因此，这个数据库可以为研究组织中某一蛋白的表达量提供一定的参考。
网站链接：http://www.humanproteomemap.org
4. UniProt
UniProt 是一个包含蛋白序列，修饰，功能注释，研究文献，蛋白的亚细胞定位，以及相关疾病等的数据库。UniProt 在研究蛋白质功能以及与其它蛋白的关系等方面提供了很全面的信息，可以使我们快速了解一个蛋白的重要研究发现，并查找到具体研究的文献。
网站链接：http://www.uniprot.org
